24 февраля 1901 года в официальном органе Святейшего Правительствующего Синода — журнале «Церковныя Вѣдомости» — было опубликовано Определение с Посланием Святейшего Синода № 557 от 20 — 22 февраля того же года об отпадении графа Льва Толстого от Церкви. На следующий день оно было опубликовано во всех основных газетах России.

Определение Синода гласило: «Святейший Синод в своем попечении о чадах православной церкви, об охранении их от губительного соблазна и о спасении заблуждающихся, имев суждение о графе Льве Толстом и его противохристианском и противоцерковном лжеучении, признал благовременным, в предупреждение нарушения мира церковно­го, обнародовать, чрез напечатание в „Церковных Ведомостях", нижеследующее свое послание...». Посланию предпосылалась цитата из Павлова послания к Римлянам: «Молю вы, братие, блюдитеся от творящих, распри и раздоры, кроме учения, емуже вы научистеся, и уклонитеся от них»

В последние два десятилетия жизни Л. Н. Толстой, будучи верующим человеком, крещённым в православии, в ряде произведений, особенно в романе «Воскресение» (1899) ясно показал, что не принимает ряд важнейших догматов православной Церкви. Он также распространял брошюры с описанием своего собственного понимания христианства, далёкого от православного.

Толстой отвергал учение о Троичности Бога, непогрешимый авторитет Вселенских соборов, церковные таинства, непорочное зачатие, действительность воскресения Иисуса Христа и его Божественность. При этом он резко критиковал Церковь за то, что она, по его мнению, свои интересы ставит выше, чем изначальные христианские идеалы. В романе «Воскресение» духовенство было изображено механически и наскоро исполняющим обряды, а в образе холодного и циничного Топорова некоторые стали узнавать К. П. Победоносцева, обер-прокурора Святейшего Синода. Хотя цензура не допускала подобные взгляды в открытую печать, они продолжали распространяться и стали широко известны.

Ряд церковных иерархов ещё с конца 1880-х годов обращались к Синоду и к императору Александру III с призывом наказать Льва Толстого и отлучить его от Церкви, однако император отвечал, что «не желает прибавлять к славе Толстого мученического венца». После смерти Александра III (1894) аналогичные призывы стал получать Николай II. Резко осуждал взгляды и проповедь графа святитель Феофан Затворник.

Издатель и редактор церковного журнала «Миссiонерское Обозрѣнiе» В.М. Скворцов возбудил вопрос о «толстовщине» на 3-м всероссийском миссионерском съезде в 1897 году в Казани. Скворцов писал: «По исследовании еретических мудрований гр. Толстого, разбросанных во многих его религиозных трактатах, съезд специалистов миссионерства уже тогда признал толстовское религиозное движение оформившеюся религиозно-социальною сектою, крайне вредною не только в церковном, но и в политическом отношении.»

Когда зимою 1899 года граф серьёзно заболел, Святейший Синод издал секретный циркуляр, в котором признавалось, что тот решительно отпал от общения с Церковью и, по церковным канонам, не может быть в случае смерти погребён по православному обряду, если пред смертью не восстановит общения с нею чрез таинства исповеди и евхаристии.

В опубликованном в 1905 году изложении («извлечении») отчёта Обер-прокурора за 1901 года говорилось о фанантизме толстовцев, об их открытых глумлениях над православием, их дерзком кощунстве над святынями, оскорблении религиозных чувств православных сообщают преосвященные всех епархий, заражённых толстовством. Эта секта требует и от пастырей церкви, и от гражданской власти неослабной бдительности, тем более, что её воззрения начинают становиться в последнее время не только достоянием народной православной массы, но и подчинять себе последователей всех других сектантских лжеучений.»

К началу XX века Обер-прокурор Святейшего Синода Победоносцев, ранее считавший отлучение необходимым, стал противником такого шага, полагая, что в складывающейся внутриполитической ситуации такой акт будет воспринят как правительственная демонстрация, а не как давно ожидаемая верующими мера церковного воздействия.

Инициатором в данном случае выступил Санкт-Петербургский митрополит Антоний (Вадковский), который 11 февраля 1901 года направил Обер-прокурору (который не был членом Синода) письмо, в котором заявлял: «Теперь в Синоде все пришли к мысли о необходимости обнародования в „Церковных Ведомостях" синодального суждения о графе Толстом». Победоносцев не стал чинить препятствий и сам написал первоначальный текст синодального Определения; чтобы смягчить тон Определения и чтобы оно имело характер свидетельства о самостоятельном отпадении Толстого от Церкви, в его текст были внесены изменения митрополитом Антонием и другими членами Синода во время заседания 20 — 22 февраля (ст. ст.) 1901 года.

Как и все определения Синода, решение по Толстому предварительно докладывалось обер-прокурором императору; из опубликованного после революции письма Победоносцева от 25 февраля (воскресенье) 1901 года императору Николаю II явствует, что по опубликовании (в тот день) синодального определения Победоносцев получил выговор от царя, ввиду чего просил у него в письме прощения за то, что «не испросил согласия Вашего Величества на самую редакцию послания синода». Победоносцев далее в письме писал Николаю II: «Но что это действие синода произошло без ведома Вашего Величества, в том смею обратиться к памяти Вашего Величества. Для того главным образом я и испрашивал разрешение представляться Вашему Величеству в прошлую пятницу, чтобы доложить о сем предположении синода и объяснить его. Я докладывал, что синод вынужден к сему смутою, происходящею в народе, и многочисленными просьбами о том, чтобы высшая церковная власть сказала своё слово; что послание составляется в кротком и примирительном духе, о чём прилагается забота.