Вагон мерно покачивался, унося ее одновременно и дальше, и ближе к мечте.
Наверное, потому, что он был там, за холодным стеклом.
Ей было больно осознавать, что тот, кем она так дорожит,тот кого она так боится потерять, несмотря на все ее старания, отдаляется от нее...( "тот", "она" и "ее" опустите.)
Но, как можно поступить иначе, она не знала...
И все же она уже решила, что что бы не случилось, оба они навсегда останутся в ее сердце.( ...что бы ни случилось...)
Один - за добрую дружбу, а другой - за то, что так похож на него...
Но все это оставалось за окном, на траве, прибитой дождем. Лишь одно оставалось - горечь бессилия. ( Повтор. Даже не знаю, что вам предложить на замену. Может, "теперь в ней жила лишь горечь бессилия"? И "оставалось" в первом случае лучше заменить на "осталось".)
И слезы тихо бежали по светлому, доброму лицу. ( Запятая нужна, если вы подразумеваете под словом "светлый" добрый, милый и т.д.)
Ей казалось, что вся боль и несправедливость достались ей одной. (Повтор. Опустите.)
Она лишь тихо шептала "за что?", и образы обоих вставали перед глазами.
И только слезы продолжали литься из ее глаз. ( Опустите.)
Ей было нечего терять, и она попыталась заснуть.
Все быстро менялось в ее жизни. Слишком быстро для нее. ( Можете опустить одно из двух выделенных слов. )
И только шум дождя все также уносил мысли вдаль... (Так же.)

Да. Я тоже ничего не поняла. Может, это про ее мужчину и сына. Раз уж было написано, что один из них очень похож на другого. Остается только гадать. Надо быть более понятным. Не бойтесь прямо сказать, кто же люди, о которых думает ваша героиня.
Желаю вам удачи.